Resurgimiento parte 1

Miguel Ángel Arrué llegó en 1993 para ser el entrenador. Su trabajo consistió en darle mayor importancia a las divisiones menores y juveniles, alternándolos en el primer equipo hasta que adquirieran experiencia para ser titulares. A esta nueva camada de jóvenes se les conoció también como potrillos. Uno de éstos jóvenes jugadores fue Waldir Sáenz, delantero que comenzó a brindar fútbol agradable a la vista y consiguió una racha goleadora. Con 31 goles en el año se convirtió en la revelación de la temporada, y con el paso del tiempo, en el goleador histórico del club. José Soto y Juan Jayo Legario empezaron a sobresalir en el año 1994 junto con el argentino Kopriva, Juan Saavedra, Darío Muchotrigo y Marco Valencia quienes se alternaban con algunos refuerzos. Pasada una década de la tragedia, en 1997, el club victoriano se consagró campeón nacional luego de un partido en Talara, marcando el fin de 18 temporadas sin lograr títulos. El entrenador campeón fue el colombiano Jorge Luis Pinto, y con una campaña destacada, Alianza pudo dar la ansiada vuelta olímpica.
El primer día del año 2000, perdió por un accidente automovilístico a su jugador Sandro Baylón, zaguero y volante de 21 años que llegaba al arco rival y anotaba goles. Alianza rindió una mala campaña en el Torneo Apertura del año 2000, ya que obtuvo resultados muy irregulares. No fue distinta la situación en el Torneo Clausura, donde su resultado más destacado fue la victoria frente a Unión Minas por 4:0 en Matute, por la tercera fecha del certamen.
La afición aliancista vivió un momento especial con la llegada del 2001. Era el año del centenario, y entre la hinchada blanquiazul se percibía un ambiente festivo. El 14 de febrero del 2001, los íntimos se enfrentaron contra el equipo que los ayudó en la tragedia del 87: el Colo-Colo de Chile, aprovechando las buenas relaciones entre ambos clubes. El resultado terminó siendo favorable al cuadro peruano por 2:1. Al final del Apertura 2001, tanto blanquiazules como celestes lograron 46 puntos en 22 fechas, por lo que se jugó un partido extra, el cual ganó Alianza por 2:1.] Luego de una paupérrima campaña en el Clausura, Alianza sólo esperó rival para enfrentarse a final de año. El rival fue el Cienciano del Cusco quien coincidentemente también celebraba su centenario en el 2001. El 22 de diciembre en el estadio de Matute, Alianza ganó por el marcador de 3:2. Luego en el partido de vuelta que se jugó en Cusco, Cienciano ganó por la mínima diferencia. Cabe decir que en este año no se ejerció la regla del gol de visitante, por lo cual luego de jugados dos tiempos de 15 minutos se llegó a la definición por penales al tener como resultado global un 3:3. En la resolución, los íntimos conquistaron el campeonato al vencer por 4:3. Así, Alianza se coronó campeón nacional en su centenario.
En el Torneo Apertura del 2002, Alianza logró un punto más (47) de los 46 que le dieron el título en el Apertura 2001. Sin embargo, no lo consiguió al empatar 0:0 con Universitario en Trujillo, pues en el partido de ida había caído 1:0 en el Estadio Monumental. En el encuentro de vuelta, Alianza no pudo ejercer su localía en el estadio Alejandro Villanueva, pues las autoridades lo consideraron inseguro para la ocasión. Durante el campeonato el equipo blanquiazul consiguió 14 victorias (8 jugando como local y 6 como visita) perdió en casa una sola vez y dos veces como visitante. Marcó un total de 43 goles y recibió 23, logrando una diferencia de 20 goles. La campaña del Torneo Clausura se vio condicionada por la sanción que le impuso la Comisión de Justicia de la Federación Peruana de Fútbol al equipo aliancista, que consistió en la reducción de tres puntos en la tabla del campeonato por la supuesta negación de pasar el control antidoping en la ciudad de Sullana. Luego, la Federación invitó al cuadro íntimo a participar en la primera edición de la Copa Sudamericana como campeón nacional del Perú. En primera fase, en la llave peruana le tocó enfrentarse a su clásico rival, Universitario de Deportes, venciéndolo en los dos partidos, tanto en la ida como en la vuelta. Así, avanzó a la siguiente etapa del torneo. En la siguiente fase, jugó contra el Barcelona de Guayaquil, al cual eliminó previa tanda de penales, clasificando a la tercera etapa. En esa instancia, derrotaron al Nacional de Uruguay en Matute por la mínima diferencia y en el partido de vuelta en Montevideo, por diferencia de goles no pudo seguir avanzando y quedó eliminado.
A comienzos del año 2003, en la víspera de un nuevo Torneo Apertura, Alianza decidió como veces anteriores apostar nuevamente a sus divisiones menores. El equipo mostró respuestas muy favorables, y se consolidó con el correr de las fechas bajo la dirección técnica de Gustavo Costas. El título le fue esquivo a Alianza, ya que terminó segundo por detrás de Sporting Cristal. Gracias a los buenos resultados en el Torneo Clausura 2003, Alianza se ubicó en la primera casilla de un campeonato que recién había comenzado. Cuando se jugaban las últimas fechas, los jugadores decretaron una huelga indefinida por la falta de pago que recibían de sus clubes. Es así como la Agremiación de Futbolistas le informó de la situación a los miembros de la ADFP (Asociación Deportiva de Fútbol Profesional), quienes decidieron que los equipos jueguen con sus sub-20. Ésta medida trajo consigo más problemas que obligaron a la Federación Peruana de Fútbol a dar por terminado el Torneo Clausura 2003, nombrando como campeón a Alianza por la ubicación en que se encontraba al momento de la suspensión, además de su puntaje obtenido durante todo el año. La Agremiación de Futbolistas, los miembros de la Asociación Deportiva de Fútbol Profesional y la Federación Peruana de Fútbol finalmente se pusieron de acuerdo y levantaron la huelga. El partido definitorio fue programado para el sábado 31 de enero del año 2004. Alianza venció al Sporting Cristal por dos goles a uno, victoria que le dio el título.
Alianza Lima ganó el Torneo Apertura 2004, donde entre los resultados más importantes se consideraron la goleada por 5:0 al Sporting Cristal y la victoria por 1:0 sobre Universitario de Deportes. Este último partido permitió a los blanquiazules dar la vuelta olímpica frente a su clásico rival en el estadio Alejandro Villanueva. El campeón del Torneo Clausura 2004 fue el mismo Cristal, por lo que Alianza debió ganar el derecho de jugar el Play Off, el cual obtuvieron en un partido frente a Cienciano en la altura de la ciudad del Cusco. El resultado final del Play Off fue un empate, por lo que se llegó a la tanda de los penales. Norberto Araujo (jugador de Sporting Cristal) erró el penal decisivo, por lo que Alianza fue nuevamente bicampeón nacional. Para el Torneo Apertura 2005, Alianza contrató al entrenador argentino Rubén Darío Insúa. Luego de jugadas catorce fechas del Apertura, con 15 puntos en la tabla de posiciones y ubicado en la séptima casilla, Insúa dimitió al puesto de Director Técnico de Alianza Lima. Wilmar Valencia fue contratado como entrenador por la nueva Comisión de Fútbol. El rendimiento del equipo bajo la batuta de Valencia no mejoró mucho, logrando el 20% de los puntos en disputa. Previamente a los partidos frente a Universitario de Deportes, Alianza Atlético de Sullana, Sporting Cristal y Cienciano, Wilmar Valencia puso su cargo a disposición. La Comisión decidió entonces designar como nuevo entrenador a Roberto Challe. En los primeros partidos que dirigió Challe el rendimiento del equipo aliancista se mantuvo regular, y luego vino un alza evidente al ganar los cuatro últimos encuentros del campeonato. El 2005 no fue un buen año para el club íntimo. Militó la mayoría de fechas en los últimos lugares de la tabla, por lo que Alianza buscó la manera de conseguir el título del siguiente año.